Plateforme de Ressources Biologiques de l’hôpital Necker-Enfants Malades

La Plateforme de Ressources Biologiques de l’hôpital Necker-Enfants Malades (PRB NECKER) s’est constituée autour de deux entités : la banque d’ADN (CRB-ADN-NECKER) coordonnée par le Pr Corinne Antignac et la biothèque du Pôle de Biologie et Produits de Santé, placée sous la responsabilité du Pr Michel Vekemans.

Cette deuxième entité comprend deux plateformes : la Tumorothèque, qui regroupe principalement les collections des services d’Hématologie Biologique(Pr Elizabeth Macintyre) et d’Anatomie et de Cytologie Pathologiques (Pr Jean-Christophe Fournet), ainsi que l’unité d’Histo-Embryologie & Cytogénétique (Pr Michel Vekemans).

La PRB NECKER comprend également des collections dispersées sur l’ensemble des laboratoires du site, en attendant leur regroupement au sein du bâtiment Imagine (2013).

 

Des collections pour des projets prospectifs et rétrospectifs

Les collections de la PRB NECKER relèvent de thématiques liées aux spécialités et au projet médical de l’hôpital Necker : la génétique humaine, l’immunologie et les maladies infectieuses.

Les échantillons hébergés sont soit issus du soin, requalifiés ultérieurement pour des projets de recherche soit entrent directement dans le cadre d’une collection autour d’un projet de recherche précis impliquant un investigateur de Necker. La PRB NECKER est aujourd’hui impliquée dans 26 projets de recherche et 5 protocoles nationaux.

Outre la cancérologie proprement dite (hémopathies malignes, tumeurs solides), la prise en charge de maladies génétiques rares (il existe à ce jour 32 centres de maladies rares à Necker) et de malformations congénitales, susceptibles d’être associées ou d’évoluer vers des tumeurs, est également une des spécificités de la PRB NECKER.

La PRB NECKER est labellisée IBiSA, participe aux projets nationaux IBiSA, Biobanques, Cohortes, Institut Hospitalo-Unversitaire (IHU) et au programme européen BBMRI.

 

Focus sur la banque d’ADN (CRB-ADN-NECKER) : une plateforme technique en plein essor

La banque d’ADN est un bon exemple de co-investissement – humain et financier – académique et privé :

Créée en 1992 au sein du Département de Génétique de l’hôpital Necker, grâce initialement à une subvention de la Fondation Paribas, elle est depuis 1995 gérée par l’Institut Fédératif de Necker (IFR 94) qui regroupe l’Inserm, le CNRS, l’APHP et l’Université. Plus récemment, plusieurs financements (Génopôle Ile de France, Fondation Wyeth) ainsi que la mise à disposition par l’Inserm de 70 m2 de laboratoire ont permis de recréer entièrement  les locaux de la banque d’ADN. La nouvelle banque a ainsi ouvert en avril 2005. C’est actuellement une plateforme de l’IFR 94 pour la partie « recherche », soutenue également financièrement par l’AP-HP (Hôpital Necker) pour la partie « sauvegarde ».

L’objectif de la banque d’ADN est de réaliser pour les chercheurs et les cliniciens la réception d’échantillons sanguins, la préparation, la conservation à long terme et la mise à disposition de produits dérivés sous différentes formes (ADN, culots de leucocytes, lymphocytes du sang périphérique, lignées cellulaires transformées par l’EBV) dans le respect des règlementations nationales et internationales.

Deux catégories d’échantillons sont conservées dans la banque d’ADN :

Le premier groupe d’échantillons correspond à des prélèvements de « sauvegarde » adressés par les médecins cliniciens du site suite aux consultations ou aux hospitalisations. Ce sont des échantillons issus de patients et de leurs apparentés (atteints ou non), souffrant de pathologies génétiques rares ou de pronostic vital incertain. La cause moléculaire de ces maladies n’est pas toujours connue et ces échantillons sont conservés pour une inclusion ultérieure dans des projets de recherche portant sur ces maladies. Le second groupe est constitué par des patients inclus dans différents projets de recherche. Les échantillons proviennent soit directement du site  Necker soit d’autres hôpitaux, français ou étrangers, dans le cadre de collaborations établies pour les projets de recherche.  Parmi ces projets figurent à titre d’exemples ceux du service de rhumatologie pédiatrique concernant l’arthrite chronique juvénile, du service de génétique médicale sur le syndrome de Kabuki, les nanismes primordiaux, les naevus….

A ce jour, l’ensemble  représente plus de 38 000 échantillons humains, préparés par la banque d’ADN à partir de prélèvements de sang périphérique. Il s’agit de culots secs de leucocytes (15 000), de lymphocytes (7300), de lignées cellulaires (7 200), d’ADN (6400) etc., provenant d’environ 22 700 patients. Depuis 2006, le nombre d’échantillons générés par la Banque a augmenté de 80% et le pourcentage de sorties des échantillons atteint actuellement 62% du nombre d’échantillons entrants.

La banque d’ADN est actuellement très engagée dans la démarche d’Assurance Qualité avec pour objectif l’obtention de la Certification  selon la norme française des CRB (NF S 96-900) en 2012.

En octobre 2010, la banque d’ADN a démarré l’activité d’extraction d’ADN à partir d’échantillons sanguins grâce à l’achat d’un extracteur d’ADN haut débit en cofinancement (fonds Cancéropôle Ile de France, Fondation Imagine,  Banque d’ADN, IFR 94), automate à la disposition des utilisateurs du Pôle de Biologie et Produits de Santé et des unités de recherche de l’IFR 94. L’activité de cette nouvelle prestation est en constante augmentation.

Prochainement, une grande plateforme PRB NECKER (550 m2 de surface utile) regroupant les collections sera créée dans le futur bâtiment Imagine (Institut des Maladies Génétiques, porté par la Fondation Imagine). La  proximité directe des unités Inserm, mais aussi des consultations spécialisées (génétiques, centres de maladies rares), du CIC et de l’URC permettra à la PRB NECKER de proposer à l’ensemble de la communauté médicale et scientifique les  outils nécessaires à la conservation, à la transformation en produits dérivés (acides nucléiques, protéines…) qualifiés et quantifiés, à la mise à disposition conventionnée des ressources biologiques. La PRB NECKER répondra aux normes légales et réglementaires (transparence, respect du droit du patient et des directives bioéthiques), techniques (locaux et équipements rationalisés, sécurité) et de qualité (système d’information, traçabilité), en vigueur. Elle aura la capacité de répondre à la demande sans cesse croissante des cliniciens-chercheurs et de favoriser la valorisation des collections ainsi que la recherche clinique, sur le plan national et international, dans le souci permanent d’améliorer la compréhension des maladies et la prise en charge des patients. Enfin, dans le cadre de l’IHU se met actuellement en place une collaboration avec différents acteurs de l’Industrie Pharmaceutique. Dans ce contexte, la PRB NECKER sera un atout considérable pour le développement de ces partenariats.

Contact :

Dr Marie-Alexandra Alyanakian, praticien hospitalier, coordonnatrice de la PRB NECKER ()

http://www.fondationimagine.org/

La PRB Necker en quelques chiffres :

    31 collections biologiques déclarées
    Plus de 500 000 échantillons

Les collections hébergées :

  • Au sein de la tumorothèque
    Hémopathies malignes
    Tumeurs solides
    Tumeurs urologiques
    Maladies rares et malformations congénitales susceptibles d’être associées aux tumeurs
  • Au sein du CRB-ADN
    17 maladies génétiques rares

Focus sur deux projets de recherche

  • Progression des épendymomes pédiatriques : deux oncogènes potentiels identifiés
      Une étude sur 59 échantillons a permis d’identifier deux oncogènes (Tenascin-C et Notch-1 au locus 9qter) importants dans la progression des épendymomes pédiatriques, ces tumeurs du système nerveux central affectant principalement les enfants et les adolescents. Ces oncogènes pourraient être de futurs cibles thérapeutiques.
    J Clin Oncol. 2009 Apr 10;27(11):1884-92. Epub 2009 Mar 16.
  • Ciliopathie rénale et rétinienne : de nouvelles mutations identifiées
      Une étude sur 10 familles (analyse « candidate exome capture ») a permis d’identifier 12 mutations au niveau d’un gène (SDCCAG8) impliqué les ciliopathies associées à une néphronophtise (autosomique récessive), cause majeure d’insuffisance rénale terminale chez l’enfant et conduisant à une dysplasie ou une dégénérescence ciliaire. Les tissus fortement dépendants de la fonction ciliaire tels que reins, rétines, cervelet, sont touchés. Ces travaux ont aussi permis de valider la méthode « exome capture » pour les maladies monogéniques à profil hétérogène.
    Nat Genet. 2010 Oct;42(10):840-50. Epub 2010 Sep 12.